Em Portugal, vários estudos têm demonstrado que o maior grau de contaminação de microcistinas situa-se nas regiões a sul, nomeadamente, Alentejo e Algarve [30], dando-se a florescência de cianobactérias principalmente no Verão. Embora a maioria dos reservatórios apresentação florações de cianobactérias de várias intensidades, as principais são microcistinas [31, 32, 33], sendo a espécie predominante a Microcystis aeruginosa, particularmente a variante microcistina-LR (MCLR) [34]. 

 

Tal facto alertou para o facto de o tratamento feito no país não estar a ser eficaz e conhecidos os principais focos de contaminação, foi possível monitorizar e melhorar os processos de tratamento [34], com mais frequência, as águas com fins de consumo humano, a fim de evitar a sua presença junto às fontes  de recolha.