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O ozono está descrito como o principal agente oxidante e desinfetante usado para eliminar microcistinas, sendo muito eficaz em quantidades pequenas. [28]

A molécula de ozono ataca o aminoácido Adda (ácido 3-amino-9-metóxi-2,6,8-trimetil-10-fenil-deca-4,6-dienóico), responsável pela toxicidade conferida pelas MC-LR, diminuindo este poder. [28]

Aminoácidos presentes na molécula de MC-LR

O modo de destruição das microcistinas usando ozono é diferente do presente com outros desinfetantes. Neste caso, o ozono atua  na parede celular dos microorganismos diretamente e provoca a sua quebra.

Destruição de bactérias pelo ozono (adaptado de [28])

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